中科管理局對環境保護從未懈怠,在園區營運的同時,加強輔導查核園區廠商空氣污染、水污染、廢棄物以符合相關環保法規,且各園區皆須符合環評書件內容及審查結論事項,致力將環境影響降至最低,並定期實施環境監測,以不影響生態、環境及民眾生活為最終目標。